Игра построена вокруг идеи создания различных фигур с помощью шариков Гуу. Игра состоит из 4 глав и эпилога, каждая из которых содержит несколько уровней. Каждый уровень имеет собственные графические и музыкальные темы, которые придают ему неповторимую атмосферу.
Существует также бонусный уровень под названием World of Goo Corporation, где цель заключается в том, чтобы строить высокие башни с помощью лишних шариков Гуу, которые игрок собрал в ходе прохождения игры. Игроки со всего мира могут соревноваться в высоте башен благодаря тому, что высота башни загружается на специальный сервер. Однако, следует отметить, что на сервер загружаются лишь данные о высоте башни, количестве использованных шариков, имени игрока и его страны. Вид самой башни не сохраняется. Башня каждого игрока представлена в виде одного облачка.
Если учесть бонусный World of Goo Corporation, то игра содержит 48 уровней.
Основная цель игры состоит в том, чтобы привести необходимое количество шариков Goo до трубы, которая является выходом. Для того чтобы сделать это, игрок должен использовать шарики Гуу для строительства мостов, башен и других сооружений на преодоление гравитации в различных местах, таких как подземелья, холмы, пропасти или скалы. Все шарики, которые игрок собрал сверх необходимых на данном уровне, отправляются в World of Goo Corporation.
Существуют несколько типов шариков Гуу, каждый из которых обладает уникальными свойствами. Игрок должен комбинировать их для завершения каждого уровня.
Wiiware версия включает многопользовательский режим до четырех человек на одной приставке.

Серые шарики — обычные шарики тёмно-серого цвета. Один шарик образует две связи. Появляются в самом первом уровне. В бонусном уровне World of Goo Corporation присутствуют только такие шарики, но там они умеют отсоединяться друг от друга, чего нельзя сказать об их собратьях на обычных уровнях.
Белые шарики — по свойствам это аналоги серых шариков, но образуют до 4 связей и не горят. Имеют глаза, но, несмотря на это, являются слепыми. По словам Маляра, их слепота обусловлена тем, что они находились в пещерах, где тысячи лет не проникал солнечный свет, и резкое появление света попросту погубило их отвыкшие от освещения глаза. Появляются в 1 главе.
Черные шарики (без глаз) — шарики, которые нельзя схватить. Появляются в 1 главе. Есть разновидность чёрных шариков, которые имеют один глаз, но по свойствам они ничем не отличаются от безглазых.
Зеленые (ивовые) шарики — шарики, образующие до трёх связей и обладающие уникальной особенностью отсоединяться, даже будучи прикреплёнными. Появляются в 1 главе.
Воздушные шары — розовые резиновые шары, прикрепляющиеся к шарикам Гуу при помощи нити. Достаточное количество воздушных шаров может поднять вверх объект. Могут бесконечно много раз отсоединяться и прикрепляться снова. Неприкреплённый воздушный шар не летает и по поведению не отличается от остальных видов шариков Гуу, но в трубу не засасывается. Появляются в 1 главе.
Глаза — большие шары Гуу, обладающие свойствами воздушных шаров, а также имеющие особенность значительно улучшать остроту зрения шарикам Гуу, к которым они прикрепляются. Находятся на последнем уровне 1 главы.
Водные капельки — прозрачные шарики довольно компактных размеров. Один шарик образует только одну связь. Появляются во 2 главе.
Лицо — по сути, являет собой шарик исполинских размеров, который нельзя схватить. Внешне отличается от прочих видов шариков наличием губ, ресниц, а также редких волос по окружности. Такие шары легко измельчаются в механических измельчителях и распадаются на шарики по размерам почти неотличимые от остальных видов шариков. Появляются во 2 главе.
Части лица — образуются при измельчении лица в механических измельчителях. Красные трубы принимают только такие виды шариков. Как и чёрные шарики без глаз, части лица нельзя схватить. Бывают двух видов, которые имеют одинаковые свойства и отличаются только внешне: глаза и шарики с губами. Появляются во 2 главе.
Красные шарики — шарики, особенностью которых является способность загораться под воздействием огня. Скорость горения шариков довольно медленна и происходит по принципу домино. Интересно, что в отличие от других видов шариков, форма красных шариков Гуу не идеально круглая. Появляются в 3 главе.
Желтые шарики (Липучки) — намертво прикрепляются к любой поверхности при присоединении к конструкции. Отлипают при отсоединении. Имеют по окружности упругие «шипы любви», которые и позволяют им прикрепиться к чему угодно. Эти шарики можно отсоединить. По словам Маляра, являют собой самый редкий вид шариков, общения с которыми избегают все остальные виды шариков Гуу из-за навязчивости жёлтых шариков, обусловленной их постоянным одиночеством. Появляются в 3 главе.
Черепа — квадратные белые черепа, по размерам чуть больше обычных шариков Гуу. Единственные из всех видов шариков, не погибающие от прикосновения к поверхностям, которые являются смертельными для остальных видов. Эта особенность может использоваться в качестве довольно надёжной защиты от опасных поверхностей. По словам Маляра черепа являются погибшими шариками Гуу. Появляются в 3 главе.
Мины-липучки — большие черные взрывоопасные липучки. Прикрепляются к любым поверхностям и при поджигании взрываются, разрушая тем самым поверхности, к которой они прикреплены. Для поджигания шаров-мин необходимы красные шарики Гуу. Появляются в 3 главе.
Зелёные виртуальные шарики — шарики с одним глазом. Если они находятся на конструкции, то имеют возможность выстреливаться в указанном направлении по баллистической траектории. Силу выстрела можно регулировать. При попадании в заражённую жидкость становятся красными виртуальными шариками. Появляются в 4 главе.
Красные виртуальные шарики — по свойствам являют собой почти полный аналог водных капель, но в отличие от них, красные имеют возможность выстрела и прикрепляются к конструкции, мимо которой пролетают. Имеют два глаза. Появляются в 4 главе.
Виртуальные зеленые квадратики — по своим свойствам являются аналогами обычных серых шариков. Появляются в 4 главе.
Камни — могут ставиться друг на друга, образуя конструкции. Бывают двух видов, различия которых лишь в форме: квадратные и прямоугольные. Имеют по одному квадратному глазу. Появляются в 4 главе.
Программные окна — по свойствам являют собой полные копии камней. Отличие только во внешнем виде. Появляются в 4 главе.
Рыба — фактически очень лёгкий живой воздушный шар. Являются самыми большими существами в игре. Внешне похожи на жёлтые шарики Гуу, но имеют крылья, а также нить, с помощью которой прикрепляются к поверхности. Прикрепляются только один раз. Маляр предупреждал, что с рыбой ни в коем случае нельзя играть. Неизвестно, что он тем самым имел в виду, но именно рыба поднимает остров с телескопом на небеса. Присутствуют на последнем уровне в 5 главе.

— Переведен текст в игре
— Переведен текст на фоновых картинках (около 70%)
— Изменен шрифт для более удобного чтения русского языка
— Таблетка вшита