System Ninja перед сканированием позволяет выбрать, файлы каких типов удалять не следует (например, кукисы — сookies). После сканирования выдается подробный отчет с результатами проверки, позволяющий пользователю самостоятельно решить судьбу каждого файла, воспринимаемого программой как мусор. Кроме очистки жесткого диска от ненужных файлов, System Ninja позволяет произвести и некоторые другие полезные для оптимизации системы действия — настроить список автозагружаемых программ, воспользоваться расширенным менеджером процессов, а также произвести удаление из системного реестра «истории».