Сначала делаете снимок системы (реестра), потом устанавливаете программу (которую хотите сделать "portable"), регистрируете ее (активируете), если надо перезагружаетесь, потом опять делаете снимок системы и прога делает сравнение снимков, а дальше уже все еще проще - после завершения таких действий, мы просто заходим в папку (куда сохранился проект) и там много всяких папок (почистите от пустых папок, лишнего), потом запустите сохранённый "bat" - файл и зайдите в папку" bin".

Примечание:
Лучше всего создавать portable-программу на "чистой" Windows. Наиболее оптимальный вариант - это установить виртуальную машину (VMware Workstation, Microsoft Virtual PС, Virtual Box или др.), инсталлировать Windows (без дополнительных программ) и работать уже там.