Все шесть членов экипажа (Герой Советского Союза заслуженный летчик-испытатель М. В. Козлов, летчик-испытатель В. М. Молчанов, штурман Г. Н. Баженов, заместитель главного конструктора инженер генерал-майор В. Н. Бендеров, ведущий инженер Б. А. Первухин и бортинженер А. И. Дралин) погибли. По версии, появившейся после крушения, причиной катастрофы считают слишком резкий манёвр, который экипаж должен был совершить во избежание столкновения с неожиданно появившимся французским «Миражом».
Тем не менее Ту-144 стал совершать регулярные рейсы. Первый рабочий рейс был совершён 26 декабря 1975 года на маршруте Москва — Алма-Ата, где самолёт перевёз почту и посылки, а с 1 ноября 1977 года на том же направлении начались и пассажирские перевозки. Рейсы выполняли только два самолёта — № 77109 и № 77110. Лётчики Аэрофлота летали только в качестве вторых пилотов, командирами же экипажа всегда были лётчики-испытатели ОКБ Туполева. Билет на этот самолёт стоил 68 рублей, тогда как на обычный дозвуковой самолёт билет в Алма-Ату стоил 48 рублей.
Но коммерческая карьера Ту-144 была недолгой, лайнер созданный для сверхдальних перелетов не нашёл своего места на внутренних линиях. Его эксплуатация оказалась нерентабельна. Из-за вынужденно высокой цены на билеты, почти в полтора раза превышающей обычную, загрузка бортов была очень низкой, что привело к отказу от эксплуатации на пассажирских линиях Аэрофлота. 1 июня 1978 года Аэрофлот навсегда прекратил сверхзвуковые пассажирские рейсы.