Отец Юрия Нагибина (потомственного дворянина) погиб в белогвардейском восстании в Курской губернии, не дождавшись рождения сына, первый отчим, Марк Левенталь, был репрессирован (просидел в тюрьме с 1927 по 1953 год).
Писателю же «постоянно приходилось балансировать на грани диссидентства и правоверности».
По признанию вдовы писателя Аллы Нагибиной, сказать все, о чем думал всю жизнь, Юрий Нагибин смог только в своем «Дневнике» (на «Радио России. Культура» вы могли слышать его десятисерийную радиоверсию в программе «Однажды в Истории»). Внутренний цензор Нагибина был посильнее внешней цензуры. В «Дневнике» писатель сказал все и умер. «Дневник» Юрия Нагибина стал одной из первых книг-исповедей в пост-советской литературе.

В конце 1940-х – начале 1950-х Нагибин подружился с Андреем Платоновым (1899–1951). В результате, как он позже вспоминал в «Автобиографии», «целый период моей литературной учебы состоял в том, что второй отчим (Яков Рыкачев) вытравлял Платонова из моих фраз».
Николай Сванидзе (снявший фильм о Нагибине): «Юрий Маркович – один из самых потрясающих мастеров литературного слова. Блистательный русский писатель. Стилист тургеневско-бунинского направления».
Циклы рассказов Нагибина можно поделить на военный, «охотничий», историко-биографический, цикл путевых рассказов. Долгие годы автор рассматривался преимущественно как новеллист, стремящийся «сказать в малом о большом».
Повесть Юрия Нагибина «Страницы жизни Трубникова» (1962), послужила сценарной основой для поставленного режиссером Алексеем Салтыковым фильма «Председатель» (1964), главную роль в котором сыграл Михаил Ульянов. Также Нагибин написал сценарии для фильмов «Директор», «Дерсу Узала» ( реж. Акира Куросава), «Бабье царство», «Девочка и эхо», «Самый медленный поезд», «Чайковский», «Красная палатка», «Загадка Кальмана»...
В конце 80-х Юрий Нагибин написал для Голливуда сценарий многосерийного телевизионного фильма о Петре Первом, на котором встретились потом Максимилиан Шелл и Наталья Андрейченко. В конце жизни писатель работал с Андреем Кончаловским над фильмом о Сергее Рахманинове (фильм снят не был).
Кроме того Юрий Нагибин был автором идеи и сценария серии документальных фильмов «Воды России», «Женщины России», «Дни и ночи России», «Дети России»..., снятой итальянцами совместно с американцами.
В 1990 г. Нагибин получил в Венеции «Золотого льва» за литературу, в Агридженто – премию «Лучший писатель Европы».
Фильмы, снятые по сценариям Юрия Нагибина, были удостоены Ленинской премии, «Оскара» и премий Каннского кинофестиваля.